Структура супероксид редуктазы Pyrococcus furiosus

1DO6 - супероксид редуктаза из гипертермофильной археи Pyrococcus furiosus. Этот фермент защищает архею от супероксид аниона - восстанавливает его до перекиси водорода.

Структура белка

Обдщий вид структуры в записи PDB
Этот белок состоит из 4 полипептидных цепей - A, B, C, D. Субъединицы сложены параллельно и образуют “квадрат” в сечении. Две из них -располагающиеся по диагонали - ориентированы активным центром в одном направлении, оставшиеся - в противоположном.

Отдельные цепи

Вторичная структура

Каждая из цепей образует семицепочечный β-бочонок, на N-конце несет небольшую а-спираль. Субъединицы почти одинаковые. Uniprot id - P82385. Мутаций и модифицированных аминокислот нет.

Малые молекулы

В активном центре каждой субъединицы присутствует ион железа. В базе PDB - FE (III) ION, Fe3+. Железо не заключено в гем. Координируется оно по-азному в субъединицах A и C железо координируют 6 аминокислот(4 гистидина в экваториальной плоскости, цистеин и глутамат - перпендикулярно им), а в субъединицах B и D - 5(те же, но глутамат не участвует, в схожей с ним позиции располагается лизин, но в статье про него не пишут).

Активный центр субъединицы А
Активный центр субъединицы В

Атом железа легко меняет степень окисления с +2 на +3 и обратно. Железо 2+ восстанавливает супероксид анион и окисляется до +3. Это железо восстанавливается обратно до +2 другим белком - рубредоксином, а он воссстанавливается оксидоредуктазой, использующей NAD(P)H.

Файл со строками с железом

Файл со строками с водой

Исплользованная литература

Статья про структуру